Son funciones del Subdirector General:
a) Planear, dirigir, coordinar y evaluar las actividades relacionadas con la gestión de las subdirecciones y administraciones de impuestos e impartir las instrucciones necesarias para la ejecución de dichas actividades, así como establecer metas de resultado;
b) Asesorar al Director General y colaborar en su gestión e informarle sobre el funcionamiento administrativo de las unidades que conforman la Dirección General;
c) Mantener permanente contacto con los administradores de impuestos e informar al Director General de la gestión adelantada por éstos, así como impartir las instrucciones necesarias para solucionar los problemas que se presenten;
d) Ejercer las funciones de inmediato superior de los administradores de impuestos;
e) Reemplazar al Director General en sus faltas temporales;
f) En los casos de falta temporal o absoluta de los administradores de impuestos o subdirectores, podrá asignar las funciones a otro funcionario, mientras se provea el cargo o regresa el titular al ejercicio del mismo;
g) Aprobar el proyecto de presupuesto de la Dirección General de Impuestos Nacionales;
h) Coordinar el desarrollo e implementación de los planes de auditoría de sistemas los programas y archivos magnéticos de la Dirección General, velando por su confiabilidad y seguridad.